以前行業(yè)增速快，企業(yè)效益好，經(jīng)營壓力小，在管理上投入比較少，一俊遮百丑，掩蓋了企業(yè)粗放型管理本質(zhì)，職能體系化建設(shè)發(fā)育不健全，應(yīng)對外部經(jīng)營環(huán)境和政策調(diào)整的能力不足，醫(yī)藥財務(wù)也不例外，大多呈現(xiàn)“小、弱、低、慢、狹”局面。
（一）兩票制重整藥品交易結(jié)構(gòu)
藥品交易及開票繞開了過票公司，以前普遍由外部機構(gòu)（過票公司或關(guān)聯(lián)公司）進行高開票處理的職能將回歸到工業(yè)，底價轉(zhuǎn)高開已成必然。廣大的代理商和自然人失去了過票公司的掛靠，一直以來與工業(yè)發(fā)生“藥品交易+推廣的職能”將會被政策剝離只剩下推廣服務(wù)職能。
（二）營改增
國家采取的是以票控稅模式。營改增后，增值稅發(fā)票，特別是增值稅專用發(fā)票的管理非常之嚴(yán)，虛開發(fā)票與刑事責(zé)任掛鉤，玩票就是玩命。同時，金稅三期工程利用“大數(shù)據(jù)+云計算”構(gòu)建起了高效、嚴(yán)密的監(jiān)控網(wǎng)絡(luò)，無所遁形。
（三）底價轉(zhuǎn)高開的難點
工業(yè)如不高開，出廠價格信息追溯會導(dǎo)致產(chǎn)品價格體系崩盤，代理商也難操作，商業(yè)也不敢配送。
（四）自營模式遇到更大的挑戰(zhàn)
相對于底價公司來說，由于銷售團隊是自己公司雇傭的員工，銷售費用無論是以工資、獎金、提成、費用報銷等方式來處理，都會遇到大量的無票費用，按規(guī)定，個人所得稅是免不了的，如果照此路徑運作，收入-成本倒掛，整個經(jīng)營體系將垮掉。
（五）高開高返隱藏著巨大的風(fēng)險
高開高返的本質(zhì)依然還是底價結(jié)算，只不過發(fā)票采用高開而已。在合規(guī)要求日益提高的當(dāng)下，高開高返面臨著比底價和自營更大的風(fēng)險。因高開高返存在廠家與代理商之間資金的雙向流動（既有底價+稅金匯入廠家，又有廠家返款給代理商），相關(guān)主管部門對此難免會有質(zhì)疑。
財稅能力提升滯后于戰(zhàn)略業(yè)務(wù)
（一）財務(wù)建設(shè)歷史欠賬多，難成體系。
（二）大部分醫(yī)藥財務(wù)處于核算型會計階段。
1、對市場業(yè)務(wù)和政策出臺缺乏深刻理解。
2、閉關(guān)鎖企。財務(wù)組織學(xué)習(xí)能力退化，知識、技能、信息落后，同外面接觸的少，對優(yōu)秀的同行業(yè)缺乏對標(biāo)和研究。
3、缺乏推動商務(wù)、市場推廣和營銷等內(nèi)外部的整合力量；
（三）對新政缺乏系統(tǒng)了解和技能儲備
（四）企業(yè)缺乏財稅領(lǐng)軍人物。
尤其是缺乏操盤過醫(yī)藥財稅籌劃的頂尖專家。
（一）簡單地認(rèn)為提升財稅能力就是財務(wù)部門的事
認(rèn)為“財稅能力=財務(wù)能力+稅務(wù)能力”，那就是財務(wù)部門的事。況且財稅壓力一般是從市場傳到營銷部門的，在一個企業(yè)中，營銷部門是比較強勢的，會借助企業(yè)老板聯(lián)手把這個燙手山芋甩給財務(wù)部門，財務(wù)部門想躲也躲不掉，想扛也扛不動，在很多藥企形成一個“財務(wù)騎虎困境”，進退兩難。
（二）觀望意識濃厚，對醫(yī)藥行業(yè)供給側(cè)改革缺乏深度和力度的認(rèn)識。
（三）想得簡單，認(rèn)為財稅能力提升就是解決票據(jù)獲取和流通問題。
（四）對財稅能力建設(shè)方面舍不得投入。認(rèn)為公司的財務(wù)部門能自己搞定，沒必要花錢請專業(yè)的頂尖機構(gòu)幫助解決。
（五）未能提升到戰(zhàn)略層面，從頂層治理上去推動。
藥廠整體規(guī)劃、代理商（含自然人）日常營運、商務(wù)體系進行重構(gòu)和推廣革新等子系統(tǒng)做好了，才能合規(guī)合法落地，才能服務(wù)企業(yè)的業(yè)務(wù)發(fā)展。這就需要從醫(yī)藥生態(tài)鏈上進行整體把握，從公司頂層設(shè)計上布局，多層次聯(lián)動疊加，協(xié)同實施，
（六）自掃門前雪。
缺乏系統(tǒng)經(jīng)營安全觀，采取短視行為，僅僅給代理商簡單培訓(xùn)下，就讓代理商去執(zhí)行，把財稅壓力推給代理商。這不利于形成廠家+商業(yè)+代理商+自然人三合一的大循環(huán)財稅系統(tǒng)。
傳統(tǒng)的外部財稅專業(yè)供應(yīng)商的服務(wù)局限性
（一）醫(yī)藥行業(yè)的優(yōu)秀專業(yè)服務(wù)機構(gòu)少。提供培訓(xùn)的多，有過成功操盤案例的更少。
（二）中介機構(gòu)與藥企之間互信度還不夠。尤其是財稅問題既敏感又涉及業(yè)務(wù)安全，需要足夠的信任。
（三）藥企普遍要求比較特殊。不但要求專業(yè)機構(gòu)提供解決方案，還要保證全部或局部落地。這與目前中介機構(gòu)通常只提供項目方案的操作模式還是有一段認(rèn)知差距。
